Tanken om å få et eget kirkebygg for Rotsund-distriktet ble tatt opp av bygdefolket allerede omkring 1869, og det første vedtak om bygging ble tatt i Skjervø kommunestyre i 1887. Det gikk imidlertid hele 45 år fra vedtaket ble fattet til kapellet ble oppført. Innvielse av kapellet ble foretatt av biskop Eivind Berggrav den 18. september 1932.
De totale kostnader med bygg og inventar ble på kr. 40.200,- Midlene ble skaffet til veie ved innsamlinger og gaver, samt et statstilskudd på kr. 7.000,-. Det var Oslo-arkitekten Harald Sund som sto for tegningene. Den opprinnelige altertavla var malt av kunstneren Sinding-Larsen fra Oslo. Altertavla ble ødelagt under evakueringen i 1944, og ny ble anskaffet i 1946. Da var det kunstneren Laura Schultz som malte motivet, som er det samme som på den opprinnelige altertavla, Jesus og de to Emmausvandrerne. I ramma rundt alterbildet og i veggen bak altertavla sees det kulehull etter skyting fra tyskerne under krigen.
Over altertavla er det et glassmaleri som er tegnet av kunstneren Sinding-Larsen (samme som malte det opprinnelige alterbildet) og utført av glassmester Finn Hansen i Oslo. Motivet er Jesus - den gode hyrde - som har funnet igjen den bortkomne sauen.
Som et av få kirkehus i distriktet har Rotsund kapell et krusifiks som står i korbuen. Det er laget av kunstneren Lynum fra Trondheim, og ble anskaffet etter krigen.
Kapellets store klenodium er kong Christian den IV's reisebibel fra 1647. Den ble gitt som gave fra familien Giæver på Havnnes i 1948.
Steinmuren rundt kapellet ble oppført i 1934. Steinen ble tatt ut i "Barnehjemslia" og kjørt ned med hest.
Det første orgelet ble innkjøpt fra Gjøvik Orgel og Harmoniumsfabrikk i 1937. I 1966 ble det skiftet ut med et syv stemmers pipeorgel fra Vestre Orgel og Pianofabrikk.
Til 90-årsjubileet i 2022 står et nytt orgel på plass i kapellet. Mer info kommer.
Kapellforeningen - og bygdas innbyggere generelt - har i alle år sluttet opp om kapellet. Det meste av utstyret som kirkesølv, tekstiler, lysglobe og prosesjonskors er gaver eller anskaffet av innsamlede midler. Kapellforeningen arrangerer kirkekaffe flere ganger i året, og sørger for blomster, vedlikehold og annet forefallende arbeid ved kapellet og kirkegårdene.
I 1999 ble kapellet fullstendig oppusset innvendig.